秦晓阳和唐石是从小一起长大的“铁哥们”，一次偶然事件使两人走进分属两个对决阵营。秦晓阳意外获得“密钥”并应征入伍来到以计算机信息化网络人才为主要强军目标的“天狼”特战队，在网络高手朱丽彤的配合下潜入国际恐怖组织暗网平台“地狱之门”，并与一直深爱的大数据专家姜玫、特战队员段宇哲以及老一代反恐精英一起，与恐怖分子集团斗智斗勇，挫败了一次次恐怖事件，最后在唐石的帮助下一举摧毁暗网平台，打击了国际恐怖组织。

反恐特战队队长钟原在执行任务中，击毙猛犸组织二号人物引来复仇。在解救妻子赵欣的行动中钟原被注射病毒倍受折磨。DK生物公司董事长江寒邀请初恋情人、生化专业高材生的赵欣及其父亲参加公司“有益菌”研究。反恐指挥中心根据T国请求选派“专家”潜入公司。痛失爱子的赵欣主动请缨“退出现役”、深入虎穴。接二连三的恐怖事件，使“新纪元计划”逐渐浮出水面。被病痛折磨的钟原率领乔大鹏、麦萌萌等特战队员绝地出击，在爱妻赵欣和五年前“失踪”的战友陆豪的配合下，成功粉碎了恐怖组织连环阴谋和生化袭击，揭开了江寒以“有益菌”为载体制造病毒的真实面目。

黑日组织在国际股市移走了500亿美元资金，企图用这笔资金进行恐怖活动经费并且栽赃中国。神鹰反恐特战队将计就计，启动R4行动。在杨灿、那敏、柳诗文等潜伏人员和厉剑锋带领的特战队员的完美配合下，粉碎了敌人。